Carlos Castillo, rector de la Universidad de Investigación de Tecnología Experimental Yachay, durante una entrevista en el programa Los Desayunos afirmó que: «la universidad (Yachay), más allá de esos salarios, tiene un presupuesto muy moderado». El académico especificó que los fondos administrados por Yachay Tech son distintos de aquellos manejados por Yachay EP, empresa pública enfocada en la construcción de la ciudad del conocimiento. El PhD en Matemáticas aseveró desconocer el presupuesto de Yachay EP; sin embargo, especificó que el presupuesto de Yachay Tech ha sido de USD 5, 10 y 15 millones durante sus tres primeros años, respectivamente.
Efectivamente, de acuerdo a los documentos sobre presupuesto general del Estado consolidado por entidad (2015 y 2016) del Ministerio de Finanzas,  en 2015 el Gobierno asignó a Yachay USD 4.070.000, y en 2016 USD 11.361.641.
Yachay, en sus documentos sobre presupuesto anual liquidado 2014, 2015 y 2016, especificó que en 2014 no se le asignó un rubro inicial; sin embargo, se otorgaron USD 5.371.528 a la institución. En 2015, la asignación fue de USD 4.070.000, pero se le pagó un monto de USD 10.250.921. En 2016, la partida inicial fue de USD 11.361.641 y se pagaron USD 15.247.960. Las cifras especificadas por Castillo coinciden con los documentos oficiales de la Universidad Yachay y el Ministerio de Finanzas.
El Banco Mundial, a través de la UNESCO, determinó que en 2013 Ecuador fue de uno de los países con mayor gasto por alumno, en nivel terciario, como porcentaje del PIB per cápita. Como demuestra el mapa (ver gráfico), el país tuvo un gasto superior a Estados Unidos y Canadá e, incluso, a algunos países de Europa. En ese contexto es posible inferir que Ecuador es uno de los países que asigna mayor cantidad de recursos a sus universidades públicas.

En contraste, también de acuerdo al Banco Mundial, Ecuador es uno de los países con menor gasto por alumno, en nivel primario, como porcentaje del PIB per cápita; y el que tiene el menor gasto por alumno, en nivel secundario, como porcentaje del PIB per cápita en toda la región.


Según el Centro Interuniversitario de Desarrollo (CINDA) y la red Iberoamericana de Universidades (Universia), en el ‘Informe sobre Educación Superior en Iberoamericana 2016‘, Ecuador es uno de los países con mayor gasto público en nivel terciario, contrastando con su gasto en los niveles primario y secundario. Se reafirma que la inversión del Gobierno ecuatoriano en educación superior es una de las más significativas de la región.
 

Si bien el presupuesto asignado para Yachay Tech es inferior al de otros centros de educación superior, como la Universidad Central o la Universidad de Guayaquil, si se comparan las asignaciones establecidas por Finanzas (2016) con el número de estudiantes de cada universidad la situación es particular:

Si se divide el presupuesto de 2016 para la cantidad de estudiantes, se evidencia que el Gobierno entregó a la Universidad Central el equivalente a USD 4.097 por cada alumno; a la Universidad de Guayaquil USD 2.574 por estudiante. Mientras que para los estudiantes de Yachay se entregaron USD 13.705 dólares por alumno. A través de esta comparación, se expone que en el año pasado un estudiante del centro de estudios de Urcuquí (Imbabura) recibió tres veces más que uno de la Universidad Central (Quito) y cinco veces más que uno de la Universidad de Guayaquil.